近日,20家美國著名學術機構、藥物診斷開發(fā)商的聯(lián)合項目--液體活檢數據庫Blood Profiling Atlas正式啟動。作為癌癥登月計劃的一部分,該項目旨在推進血液分析與診斷技術的進一步發(fā)展。
據了解,該數據庫將協(xié)調匯總美國各科研院所和醫(yī)院的循環(huán)瘤細胞(CTC)、循環(huán)瘤DNA(ctDNA)、外泌體檢測的原始數據和選擇性臨床數據并向大家免費提供。
作為該項目成員之一的Seven Bridges市場總監(jiān)Andrew Gruen告訴記者,“我們的目標是在未來的45-60天內實現(xiàn)大量臨床數據的分析歸位與深度挖掘。”
日前, 作為生物醫(yī)學數據分析軟件開發(fā)商的Seven Bridges正與芝加哥大學合作策劃此項目的數據庫部分。 該公司表示將致力于提供為期六個月的工程學、生物信息學服務以及高達50萬美金的計算和存儲信息資金以促進分析軟件的開發(fā)與應用。項目負責人Gruen表示,“如果我們能成功做到這一點,那么我們將開始一項偉大的前瞻性研究,真正了解我們所擁有幾百億的數據。”
該項目涉及的血液樣品來自于包括阿斯利康、禮來制藥、Epic Sciences 、斯隆凱特林癌癥中心(MSK)、Foundation Medicine、Genentech、Guardant Health、Personal Genome Diagnostics(PGDx)、諾華、輝瑞在內的13家企業(yè)與科研機構。
MSK(斯隆凱特林癌癥中心)表示其愿意分享血液樣本收集的方法、不同處理方法的無細胞核酸分析比較結果以及來自轉移性前列腺癌患者的CTC數據。 這些數據都將有助于解釋以往治療效果的影響。
MSK研究學者Scher博士強調道:“前列腺癌是一種很難以活檢方法確認的癌癥,它不在腫塊間擴散,而是浸潤骨髓,這就使得它難以被檢測出來。因此,我們將基于Epic Sciences的實驗方法在表型和基因組水平上進一步提供前列腺癌的CTC表征數據。并正與Epic合作一種細胞分類方法,即如果細胞看起來相似,那么他們可能有類似的遺傳改變,由此來達到分類細胞的目的。”
此外,PGDx也將提交來自500個樣本的數據,并與其生物制藥實驗室的合作伙伴一起將所生成的數據傳輸到Atlas終端。 PGDx將免費共享其腫瘤譜分析平臺上的專業(yè)知識、協(xié)議和非專有ctDNA分析數據。
PGDx轉化科學與診斷專家John Simmons博士指出,該數據庫的啟動對精準腫瘤學領域的起步至關重要,可以讓人們更全面地了解如何使用液體活檢以及應用液體活檢時應注意的各種影響因素。
同時,密歇根大學的四個研究團隊也將共享其研究數據,包括多癌癥患者的全基因組測序數據、乳腺癌患者的無漿腫瘤細胞的DNA和PCR數據、健康個體的血漿RNAseq數據以及乳腺癌患者血液樣品中分離的循環(huán)腫瘤細胞數和蛋白質標記數據等。
去大部分科研機構和產業(yè)機構不同,諾華集團則強調評估包括基于PCR方法和基于下一代測序方法的cfDNA檢測技術。諾華發(fā)言人Tina Tuttle并強調,諾華公司將分享用于ctDNA血漿收集的SOP、不同廠商的ctDNA提取試劑盒的評價結果并使用設計樣品評價ctDNA檢測技術的臨床性能。